La bande de Mystery Inc. a besoin d'argent pour poursuivre ses opérations. Lorsqu'un investisseur les approche pour les aider, il n'a qu'une seule exigence : que Scooby-Doo et Shaggy soient écartés du projet. Ils sont, selon lui, le maillon faible du groupe. Ainsi, les deux copains doivent quitter leurs amis. Comme un malheur n'arrive jamais seul, Scooby et Shaggy sont ensuite kidnappés. Ils découvriront rapidement que le chien maladroit a un destin épique et doit accomplir une mission importante. Scooby-Doo et son maître sauront-ils prouver leur valeur au sein de la bande?